Apacheの設定を何年もやっているにも関わらず、PHPのいろんなアプリとかフレームワークの都合で見たこと無いエラーって出るもんですね。
PHP Warning: Unknown: failed to open stream: Permission denied in Unknown on line 0
これに陥るとForbiddenになってアクセスできなくなります。
httpd.confのオーバーライドはするだけど、アクセス先ディレクトリより上位にある.htaccessの上書きはするのかしないのかといったら、本来しちゃいけないことになっているということです。
<Directory />
Options All
AllowOverride None ←ココ
</Directory>
/ディレクトリのAllowOverride NoneにすればOKです。